补办农村土地使用证的流程有以下几点：
1、找到当地村镇的土地登记部门进行报失申请。
2、土地登记部分会派人下访去所在地核实房子现状问题。
3、核实成功后，该土地所有权人在土地登记部门规定的媒体杂质或报刊中刊登土地证书损坏丢失在声明。
4、土地所有权人提交补办申请书、丢失声明文件原件、以及两份复印件、营业执照副本、法人代表身份证明与身份证原件、复印件、委托授权书等，以上资料可以事先询问清楚记录下来。
5、递交土地管理部门等待领导审批核实，如对声明没有异议，一般会在30日内给到答复，并补发证书。
6、由于是补发的证书，在证书上会注明“补发”字样。
【法律依据】
《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。