购买的商铺办理土地使用证，应当在开发商协助的情形下办理，具体的流程如下：

1、签订商铺买卖合同；

2、共同到商铺所在地的不动产登记机构提出申请；

3、提交申请书、身份证明、合同等材料；

4、提交的材料审核通过后，完成登记，核发土地使用权证。

《土地管理法实施条例》第五条规定，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。