办理商品房的土地使用权证流程如下：

1、与市、县人民政府土地管理部门签订土地使用权出让合同；

2、根据合同约定，缴纳全部土地出让金；

3、持有出让合同等材料到不动产登记机构办理土地使用权证。

根据《土地管理法实施条例》第五条第一款的规定，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政管理部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，中央国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政管理主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。