农村土地流转纠纷的原因是：管理机制不健全、农民缺乏维权意识和法律知识、土地承包权不清、行政权力的滥用等。规避农村土地流转纠纷应当签订合同明确双方权利义务、加强对失地农民的就业培训、明晰产权关系、完善对被征地农民的补偿安置制度等。
法律依据：
《农村土地承包法》第三十六条
承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。
第四十条
土地经营权流转，当事人双方应当签订书面流转合同。
第五十五条
因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。