光伏发电系统拆迁应当依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》进行补偿，其中的补偿金包括被征收房屋价值的补偿、因征收房屋造成的停产停业损失等三方面的补偿。所以，如果要拆迁，光伏用户可以得到两部分补偿：一个是光伏系统本身价值的补偿，另一个则是光伏未来几年发电总收入的补偿。
【法律依据】
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十一条，被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。