实践中，被征收人在收到评估报告时，会对评估报告的评估结果、评估程序等问题产生异议，针对评估报告有异议的，可以通过以下几种方式来维护自身合法权益。

1. 公示期间可以修正。第一步是分户初步评估结果在公示期间，当被征收人对评估报告有疑问时，出具报告的评估机构有义务作出解释说明与修正。

2.10日内申请复核。如果你对评估结果有异议，可以从收到评估报告之日起10内向评估机构申请复核评估。

3. 向专家委员会申请鉴定。如果被征收人对评估机构作出的复核仍有异议，这时应该在收到复核回复函之日起10日内，向被征收房屋所在地评估专家委员会申请鉴定。

4. 复议或诉讼。如果经过复核和专家鉴定，被征收人对房屋价值的评估仍有异议，这时房屋征收部门会报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府，政府会按照征收补偿方案作出补偿决定。被征收人此时可以针对该补偿决定申请行政复议，也可以提起行政诉讼。

因此，当评估机构出具的评估报告中有明显与事实不符或存在违法之处时，应及时提出异议。通过修正、复核、申请鉴定、协商订立协议、复议或诉讼的步骤，来维护自己的合法权益。

法律依据：

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条

对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。

对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。

房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。