土地承包合同丢失证明可以进行补办。承包方向发包方提出补办申请；发包方根据实际情况报承包土地所在乡镇人民政府；政府登记材料并出具证明材料；承包方到县档案局查原始资料；县农村经营管理部门对材料予以审核，符合规定的补办土地承包合同。
【法律依据】
《农村土地承包法》第十二条，国务院农业农村、林业和草原主管部门分别依照国务院规定的职责负责全国农村土地承包经营及承包经营合同管理的指导。
县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门分别依照各自职责，负责本行政区域内农村土地承包经营及承包经营合同管理。乡（镇）人民政府负责本行政区域内农村土地承包经营及承包经营合同管理。