承包经营合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，由不动产所在地法院管辖，也即由承包土地所在地人民法院管辖。，农村土地承包经营合同发生纠纷时，应由不动产所在地法院管辖，也即由承包土地所在地人民法院管辖。
【法律依据】
《农村土地承包法》第五十五条，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。