农村宅基地纠纷处理方式如下：
1、进行协商解决。《土地管理法》第16条规定：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。所以可知公民间的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式处理。
2、进行行政解决。《土地管理法》第16条规定：个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。这说明当地政府有责任也有义务处理公民之间的纠纷。
3、通过司法解决。《土地管理法》第16条：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。这说明通过协商、行政的处理，公民都不服的，能上法院起诉。