土地使用权案值计算的进行是：
1.有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照标准地价平均标准的40%计算。
2.发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。
【法律依据】
根据《土地管理法实施条例》第三条，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。