首先，《违法建筑认定函》并不能说明涉案房屋必然就是违法建筑

从表象上看，《违法建筑认定函》是由有权政府机关作出的书面文书，具有较高的证明效力。但应明确的是，关于违法建筑认定与查处的程序和方式，《土地管理法》《城乡规划法》以及《行政处罚法》《行政强制法》等法律法规已经做出了比较明确的规定。

相关政府部门若仅仅拿出一份《违法建筑认定函》，并不代表涉案房屋就是违法建筑。按照当下审判实务，法院对《违法建筑认定函》所记载的事项并不必然采信，而是会依法查明相关事实，尤其是该《违法建筑认定函》是否满足实体和程序两个方面的要求：

实体上，应查明涉案建筑确实存在违反法律规定的情况，包括但不限于：

1. 违反土地管理规定，擅自占用耕地等农用地或者改变土地用途修建房屋的；

2. 未取得建设工程规划许可（乡村建设工程规划许可）或者未按照建设工程规划许可进行建设的；

3. 未依法办理施工许可证的……

程序上，负有查处违法建筑的政府职能部门在作出认定违法建筑的决定或者限期拆除的处罚决定之前，应严格履行立案、调查等程序，听取当事人的陈述和申辩，必要时还应召开听证会。

其次，即使存在《违法建筑认定函》，政府机关也不能随意强拆

从内容上来说，《违法建筑认定函》是对涉案房屋合法与否作出的否定性评价，也即该认定行为本身属于行政确认。

依照我国现行法律规定，该行政确认行为并非可以作为强制执行行为所依据的“圣旨”。行政机关实施行政强制行为，仍需严格遵照《行政处罚法》和《行政强制法》等相关法律规定。

具体来说，首先应由土地、规划等职能部门就涉案房屋的情况按照前述程序进行调查，确认涉案房屋的性质；

其次，在确定房屋的性质之后，根据房屋的具体情况作出相应的行政处罚决定，如限期拆除、没收决定等；

其后，行政相对人在收到限拆决定或通知后不自行拆除又不起诉或申请行政复议的，由具有行政强制执行权的机关依法履行强制执行催告程序；

最后，行政相对人经催告仍不履行行政决定且无正当理由的，具有行政强制执行权的机关即可作出强制执行决定，并依职权强制执行或者申请人民法院强制执行。

最后，《违法建筑认定函》事关个人权益，当事人切莫沉默以对

需要明确的是，即使是没有写明处罚措施的《违建认定函》，也会对涉案房屋作出违法建筑的评价，当事人的权利义务实际上也已经被影响。

根据在明律师长期办理案件的经验，大多数当事人在收到行政机关作出的《违法建筑认定函》一类的材料时，都会抱有一定的侥幸心理，认为能够通过自己的方式解决或者行政机关不会真的强制拆除。

而即便行政机关不急于拆除涉案房屋，一旦征收拆迁、腾退改造等项目来临，涉案房屋还是会因为这曾经的一纸“违建认定函”而被划入不予补偿的行列中，此时这种文书的厉害之处也就显现出来了。

故此，当事人一定不要错过了最佳的陈述、申辩和救济期限，最终导致自身的合法权益无法得到维护。在明律师建议，面对类似情况时要积极维护自身权益，在律师的帮助下依法提起复议或者诉讼，争取将这样的“函”予以撤销，确保自己的房屋在实体上的合法性。

如对于征收补偿方案不满意，或想要提高赔偿标准的话，可以找北京在明律师事务所的律师帮你。