国有土地使用权的纠纷一般不能调解，应由政府处理，流程如下：

1、乡级人民政府或者县级以上人民政府组织当事人到场；

2、告知纠纷当事人的权利义务；

3、询问当事人，并按照法定程序调查事实；

4、根据调查结果，作出处理决定。

《土地管理法》第十四条第一款至第三款规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。