导读：在法律实践中，主合同约定仲裁，补充合同发生争议时，究竟应选择仲裁还是诉讼？这主要取决于补充合同的具体约定。

1、应仲裁的约定

如果补充合同中存在类似“补充合同与本合同约定不一致的，以本合同约定为准”的条款，或者未对争议解决条款进行明确变更，通常认为补充合同未排除主合同的仲裁条款，此时应通过仲裁解决纠纷。例如，在惠州某农业开发有限公司申请撤销仲裁裁决案中，裁判要旨明确指出，主债务合同的仲裁条款适用于与其密切相关、不可分割的补充协议，除非补充协议对仲裁条款进行了明确变更或排除适用。

2、应诉讼的约定

当补充合同明确约定新的争议解决方式，如“如因双方发生争议的，则任意一方有权向甲方所在地法院提起诉讼”，则视为双方重新约定通过诉讼解决争议，排除了原仲裁条款的适用。在此情况下，应尊重当事人的意思自治，通过诉讼解决纠纷。

3、可能存在的争议

（1）争议条款的范围限制

若补充合同的争议条款存在范围限制，例如仅针对补充合同内容，而争议实际涉及主合同内容，是否仍需通过诉讼解决？一般认为，补充合同作为主合同的不可分割部分，具有同等法律效力，即使争议条款有限制，也应以补充合同约定的诉讼方式为主。这是因为补充合同通常与主合同密切相关，不可分割。

（2）补充合同的独立性

如果补充合同的内容与主合同关系不大，可以独立存在，那么主合同发生争议时，仍可能依据主合同的仲裁条款申请仲裁。在这种情况下，补充合同虽名为“补充”，但从实质内容和关系来看，可视为独立的新合同。

4、延伸问题：补充合同不等于从合同

补充合同与从合同在法律性质上存在区别。如果补充合同在实质内容和关系上具有依附性，属于从合同，则其处理方式可能不同。例如，若主合同与从合同都约定了仲裁条款，但补充合同变更了仲裁机构，则以补充合同为准，视为对原主合同仲裁条款的修改。

我国《仲裁法》修订意见稿第二十四条规定，纠纷涉及主从合同，主合同与从合同的仲裁协议约定不一致的，以主合同的约定为准；从合同没有约定仲裁协议的，主合同的仲裁协议对从合同当事人有效。这表明，在处理主从合同仲裁协议不一致时，以主合同的仲裁协议为主。
综上所述，主合同约定仲裁，补充合同发生争议时，应根据补充合同的具体约定来确定通过仲裁还是诉讼解决。若补充合同未明确排除主合同的仲裁条款，通常应仲裁；若补充合同明确约定了新的争议解决方式，则应尊重当事人的意思自治，通过诉讼解决。同时，需注意补充合同的实质性质和独立性，以及主从合同之间的关系，以准确判断争议解决方式。