拆除违章建筑可能会有补偿。如果违章建筑具有合法的土地使用权，即使在拆迁时不就拆除违章建筑本身补偿违章建筑人，也必须考虑土地使用权对违章建筑人的财产利益。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条
市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。